Marocko tilldelades en så kallad “advanced status” av EU 2008. Marocko är det grannskapsland som får mest bidrag från EU och som EU satsar mest på av de nordafrikanska grannskapsländerna. Frankrike är Marockos största supporter.
I maj 2006 undertecknade EU ett fiskeavtal med Marocko, där de västsahariska vattnen är inkluderade. Detta strider mot internationell lag. EU-parlamentet stoppade under en längre tid en förlängning av fiskeavtalet 2011.
I december 2016 slog EU-domstolen fast att EU:s avtal med Marocko, associationsavtalet 2000 och det utvidgade handelsavtalet 2012, inte gäller Västsahara, eftersom Västsahara inte tillhör Marocko. Samtidigt fastställde domstolen att Polisario är västsahariernas legitima representant enligt FN. Varor från ockuperat västsahariskt område kan därmed inte ingå i handelsavtal mellan EU och Marocko.
Trots ytterligare en dom 2018 från EU-domstolen, har EU:s Ministerråd ändå röstat igenom både ett fiskeavtal och ett handelsavtal, där västsahariska vatten och jordbruks-och fiskeprodukter ingår. Sverige la ned sin röst till handelsavtalet men röstade nej till fiskeavtalet .EU-parlamentet har godkänt avtalen 2019.
Enligt ett avtal med EU ska Marocko stoppa migranter som försöker ta sig till Europa över Gibraltar sund.
